《北京中医药大学学报》获奖情况：2013、2014、2015、2016、2017、2020年荣获中国科学技术信息研究所的“百种中国杰出学术期刊”称号；2014、2017、2020年连续被中国科学技术信息研究所评为“中国精品科技期刊”即“中国精品科技期刊顶尖学术论文（F5000）”项目来源期刊；2016、2018、2020年被中国高校科技期刊研究会评为“中国高校百佳科技期刊”。2019年入选中国科协“中国科技期刊卓越行动计划”梯队期刊项目，入选中华中医药学会“中医药科技期刊分级目录T1级期刊”。